Эргил Осин

hostapd

Права у вас как-то странно поехали.
Пример с машины которая обновляется с 9.04(сейчас на ней 14.04)

drwx-wx--T 2 root crontab 4096 Aug 15 2012 crontabs

ls -la /usr/bin/crontab
-rwxr-sr-x 1 root crontab 34824 Feb 9 2013 /usr/bin/crontab

С таким раскладом пользователю нет нужды быть в группе crontab, за счет SGID-бита на бинарнике.
Вот это - дефолтный вариант, права точно никогда не правились.
Может вы зачем-то их крутили, но не помните или кто-то еще сервера касался за прошедшие годы?

Используйте lxc-контейнеры для таких целей. MySQL 5.1 — ископаемое, поставьте в контейнер современную данной версии версию дистрибутива и там держите. Не раскатывайте на живых серверах ископаемые :)

Инсталяционные образы отличаются тем какой DE будет поставлен при установке. Репозитории общие и ничем между собой более они не отличаются. С одного из образов вы с диска поставите Cinnamon, с другого поставите Mate. При этом вы можете потом доставить и второе, и нормальные DE из репозиториев Ubuntu, не забывайте, что Mint это всего несколько пакетов своих DE, а все прочее там из нормального дистрибутива, просто авторам синдром Попова не давал покоя и хотелось назвать сборку двух DE дистрибутивом.