Erik2121

PHP:

<?php

while (true) {
  if (поступили новые данные) {
    echo возвращаем ответ;
    break;
  }
  usleep(100000);
}

?>

JavaScript:
Обычный AJAX-запрос, а как закончится тайм-аут, отправляйте запрос по-новой.

Вы точно смотрели туда? Модель Comet однонаправленая: от сервера к клиенту, а это, очевидно, не то, что вам нужно. Но...
Модель Comet реализуется в клиентской части стандартом Server-Sent Events. Суть ее довольно проста: сервер отправляет строки во всремя создания события. А браузер уже заботится, что бв соединение не прерывалось. Реализация на стороне клиента:

var ticker = EventSource('our.php');
ticker.onmessage = function(e) {
  console.log(e.type);
  console.log(e.data);
}

Со строны сервера должны приходить строки такого вида:

event: hello
data: Hello, World!

Обратите внимание на последнюю строку. Она, собственно говоря, создает событие.
Матчасть: Comet, EventSource

Пример:

var ticker = EventSource('changes.php');
ticker.onmessage = function(e) {
  // Реагируем только на события изменений
  // Нам приходит id + ' ' + html, для примера. Мы очищаем данные split'ом, но настоятельно
  // рекомендую придумать свой формат
  if(e.type == "messagechange") data(e.data.split(' ')[0], e.data.split(' ').slice(1).join(''), e.data);
}
var elements = document.getElementsByClassName('message');
function data(id, data) {
  // Нам приходит id элемента, по которому мы определяем, к какому элементу изменения
  // и дата. В данном примере, id определяет номер элемента, но вы можете изменить эту
  // логику на свою
  elements[+elNum].innerHTML = data;
}

Пример данных от бэкенда

event: messagechange
data: 0 It works!

WebSocket - это как раз двунаправленая связь. Работают они по особому протоколу. Не буду вникать в технические детали, однако соединение постоянное(чего не скажешь про SSE). Реализацию на клиенте берет коструктор WebSocket. Пример:

var socket = new WebSocket('ws://ws.example.com/res');
socket.onopen = fucntion(e) {
  // Socket opened
}
socket.onclose = function(e) {
  // Socket closed
}
socket.onerror = function(e) {
  // Error!
}
socket.onmessage = function(e) {
  console.log(e.data);
}
socket.send('Hello, server!');
socket.close();

Матчасть: MDN