не знаю, как атом, но как правило - это труба. Нотпад, к примеру, на сей случай имеет ротацию бекапов, т.е. каждое сохранение файла фиксируется отдельным файлом, может и в атоме это есть, но скорее всего как доп. функция, которая неактивирована.
strangerfrompast, не знаю, как у вас сделано и вдаваться в подробности, чтобы понять, не буду.
Делаем компонент, в котором будут храниться все наименования поддоменов, контактные данные (телефон, мыло и т.п.), пишем функционал который определяет текущий поддомен на котором находишься - соответственно по нему из компонента дергаем необходимую нам инфу.
По факту, всегда должен быть доступен метод получающий массив инфы об этом домене\поддомене, чтобы им хоть где воспользоваться.
Если необходима привязка других компонентов, например, отображение своих новостей для разных поддоменов - создайте связанное поле у этого компонента, к какому поддомену будет относиться тот или иной материал.
Собственно и всё.