Emptyform

Что вам мешает содержимое <thead> перенести в <div> непосредственно перед таблицей и стилизовать его как бог на душу положит?

overflow нужно указывать для <div id="main">
Но это все неправильно. Это ж главная беда всех самописных селектов.

Чтобы без overflow работало, нужно чтобы выпадающий блок был спозиционирован не absolute, а fixed но боюсь тебе тогда сильно придется там все переделывать.

Вот так чтоле: https://jsfiddle.net/015y6aq5/2/

Центрировать по вертикали текст в кнопках можно двумя способами (есть еще варианты, но на мой взгляд это все херня).

1. Задать правильные паддинги сверху и снизу.
Можно только сверху, но если это кнопка из ссылки, то правильнее чтобы паддинги занимали всю площать кнопки, тогда не нужно будет пользователю попадать вышкой именно в строку текста.

2. Задать тексту line-height равным высоте кнопки.
Тут момент - если кнопка стилизована из ссылки, то справа и слева от текста. кнопка кликабельна не будет, если не задать паддинги слема/справа

Наиболее правильный способ - первый, т.к. если через месяцок придет менеджер и скажет "залупи ка мне <воооот такоооое охрененнно динннннное название к кнопке>", то есть вероятность, что текст будет в две строки и получится хня.