Если какая то логика повторяется в разных компонентах то это можно вынести в миксины.
Статья на хабре

Если хотите делать связку PhoneGap + AngularJS, то посмотрите лучше в сторону ionic

Так же если это проект в учебных целях, то может вам лучше глянуть в сторону Angular2 ?

Как вариант отлавливать клик на body, и при клике убирать класс. т.е.

$('body').on('click', function(){
  // убираем класс
})

а при клике на самом элементе отменить всплывание событие. то есть событие не дойдет до body

$('.nav-submenu').on('click', function(e){
  e.stopPropagation();
  // остальной код
})

P.S. Ваш кода можно сделать куда приятнее, если заменить

$('.nav-submenu').on('click', function(a) {submenu(this)});

на
$('.nav-submenu').on('click', submenu);
А внутри submenu this и так будет ссылаться на объект, который вы в вашем случае передаете через параметр a