Илья Агарков

В данном случае пока, пока у body есть класс .is-loading любая css анимация будет отключена.

На счет того как учить верстку, вопрос хороший.
На сколько я знаю неплохие курсы предоставляет https://htmlacademy.ru
Можешь поискать нечто подобное.
А вообще на мой взгляд нет хорошей литературы по верстке, так что только опыт.
Можно каких то практик нахвататься из разных статей и курсов.

На счет JS, не думаю что разумно делать выборку $("li"), вы таким образом выбираете все li на странице, поэтому меню и ломается. В вашем случае надо использовать

$("li.abc").height(maxH);

как вариант добавить float, например

float: left