Евгений

Для потомков.

Помог совет 20ivs, из комментариев

1. Открыть терминал
2. sudo nano /etc/default/grub
ищем строку, которая начинается с GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT и добавляем video=hyperv_fb:[разрешение экрана, которое нужно]. Например, мне нужно 1280x720, тогда строка будет выглядеть так: GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash video=hyperv_fb:1280x720"
3. Сохраняем и закрываем редактор.
4. sudo update-grub
5. Перезагрузка виртуальной машины.

Вы с вами барашки )))
Нужно было в директории где хранятся все наши модули правым кликом мыши затем -> Mark Directory As и выбрать Sources root и после этого она загорится голубым цветом :

после чего PyCharm будет видеть свои классы как надо.