Egideus

Либо в конфиг пишете:

<Connector 
                 SSLEnabled="true" 
                 acceptCount="100" 
                 clientAuth="false"
                 connectionTimeout="20000" 
                 disableUploadTimeout="true" 
                 enableLookups="false" 
                 keyAlias="jira" 
                 keystoreFile="C:\Program Files\Atlassian\Application Data\JIRA\jira" 
                 keystorePass="changeit" 
                 keystoreType="JKS" 
                 maxHttpHeaderSize="8192"
                 maxSpareThreads="75" 
                 maxThreads="150" 
                 minSpareThreads="25" 
                 port="443" 
                 protocol="org.apache.coyote.http11.Http11Protocol" 
                 scheme="https" 
                 secure="true" sslProtocol="TLS" 
                 useBodyEncodingForURI="true"/>

Перед этим запихнув в хранилище ключи (документации по этому делу вагон).

Либо ставите перед жирой nginx с приземлением на него SSL и тогда конфиг такой:

<Connector 
                   port="8080"
                   maxThreads="300"
                   minSpareThreads="25"
                   connectionTimeout="20000"
                   enableLookups="false"
                   maxHttpHeaderSize="8192"
                   protocol="HTTP/1.1"
                   useBodyEncodingForURI="true"
                   acceptCount="1000"
                   disableUploadTimeout="true"
		   scheme="https" 
		   proxyName="%jira.domain.name%" 
		   proxyPort="443"/>

Разумеется, перед этим настроив всё на nginx'е

Пысы моя сейчас работает и по первому варианту и по второму одновременно.