Я с вами согласен, что нужно прямо указывать на очередность обработки файлов. Вопрос в том, как именно это делать. Переименование файлов меня не устраивает, как и постоянные правки gulpfile.js. Возможно есть инструмент(плагин), который сможет отработать @import в общем css файле, а затем все сохранить в виде нового. А может я сам придумал себе проблему...