PDF - это сжатый PostScript. В PostScript нет кодировок в принципе, только привязка к глифам шрифта. Поэтому если шрифт кривой - глифы названы по европейским символам, например, а нарисована в них кириллица - получаем кракозябры в любых программах, которые попытаются вытянуть этот текст. При желании можно перемешать весь шрифт и переставить глифы произвольным образом, искалечив так же и текст.
Но что-то защищать такими методами - имхо, дурь.