Если коротко, то PyCharm - для тех, кто имеет опыт в разработке. А если подробнее, то дело тут не только в пайчарме, но и в пайтоне.
Когда запускаешь просто файлик через стандартный питоновский айдл, то рабочей папкой является папка, где файл лежит. А в случае с пайчармом, рабочий каталог - это папка проекта. Вот так пайчарм управляет питоновской фичей. В свойствах проекта можно изменять набор папок, где будут искаться импортируемые модули. А можно просто сделать import src.mist_loader. Кроме того каждый новый запуск кода в пайчарме - это по дефолту новый чистый запуск интерпретатора.
Для работы с нейросетями на питоне лучше всего использовать анаконду (или миниконду), в которой доступны среды разработки spyder и jupyter - менее гибкие, но довольно простые и дружелюбные к новичкам.