Поскольку файлы уже отслеживались и есть в git, недостаточно добавить их в .gitignore, помимо этого нужно удалить их из git
git rm --cached index.html
Если сайт хостится через
GitHub Pages, то как раз index.html из репозитория и считывается для этого. Если удалить index.html, никакой сайт никто не увидит. Хотите сделать сайт с закрытым кодом - храните код в приватном репозитории и показывайте через платный хостинг.
