Как временное решение я нашёл так же настройки синхронизации в приложении NC для каждой синхронизируемой папки можно указать способ действий с одноименным файлами, как будто бы это могло бы решить проблему если для всех файлов указывать "не синхронизировать уже существующие файлы" это не решает проблему с ручным переключением между аккаунтами/серверами когда вам нужно получить лучшую скорость или доступ извне, но в хотя бы защищает от дубликатов на сервере. Недостатком является то, что если вам необходимо настроить много папок для синхронизации, то потребуется сделать это в ручную для каждой папки из под каждого аккаунта nextcloud app (локального и внешнего). Так же я не проверял как это будет работать с двусторонней синхронизацией офисных документов. Так что могу считать это временным решением для бэкапа, но не уверен как это будет работать с двусторонней синхронизацией.