Очень не понятно слово "инстанций", думается что это экземпляры объектов.
Получить память можно через счетчики Windows "Системный монитор" (даже удаленно можно читать, они работают всегда и не грузят практически, выбираем процесс и смотрим GC_time, GEN_1,2,3 etc., счетчиков очень много), или подписаться на ETW в своем приложении если .NET 4.5 (на нем проще) и писать в лог события от внутренних компонентов Windows (CLR, Kernel).
Снимать дампы через sysinternals suite софт, или диспетчером задач, или использовать PerfView.
На днях статью сделаю "заметки 2.0", там все подробней с JIT-от :)
UPD: снимаем 2 дампа в разное время, находим новые объекты во втором (они будут если есть утечка), находим кто их удерживает (1 команда в Windbg).