Не зная названия ВУЗа и программ, совсем точно сказать сложно, но скорей всего, если вы хотите программировать, то надо идти на прикладную математику.
При желании в этом случае программистской практики, задач, которые нужно будет решать программными средствами будет сколько угодно, кроме того будет теоретическая основа по численным методам, сложности и т.п., что важно знать для программистов, которые кодят интересные вещи.
На прикладную информатику стоит идти, если вы планируете быть аналитиком в ИТ, т.е. проектировать информационные системы, внедрять, сопровождать, оценивать, закупать ПО, руководить ;) и т.п.