Как заставить Android Studio в редакторе увидеть импортоы для jni.h, android/log.h?

Использовать cppFlags логичнее по причине того, что rtti и exceptions - исключительно C++ флаги и к чистому C никакого отношения не имеют.

Как исключить добавление в APK отдельных ресурсов?

Igor: по-моему любые; в любом случае самый простой способ - попробовать.