Droid924

В build.gradle есть такой блок:

android {
    ...
    packagingOptions {
        exclude 'path/to/file'
    }
    ...
}

android.sources {
        main {
            jni {
                source {
                    srcDir "src/main/jni"
                }
                exportedHeaders{
                    srcDir "${nativeIncludes}".toString()
                }
    ...

Как я понял, студии для подключения возможностей редактирования необходимо, чтобы Gradle знал про твои source файлы.

Ещё мне кажется несколько странной эта строчка:

CFlags.addAll(["-D__STDC_CONSTANT_MACROS","-frtti", "-fexceptions"])

Я бы скорее использовал cppFlags