А при чем утт безопастность и мессенджеры?
SNAP позволяет установить пакет целиком со всеми зависимостями как "переносимый", не трогая основную систему и установленные приложения. В этом плане он удобнее и безопаснее.
APT же устанавливает все зависимоти прямо в систему, и если нет какой то зависимости или они конфликтуют, приложение он установить не сможет