Артем Var

JS в браузере не умеет писать в файлы. Это умеет JS в Ноде.

Так что:
1. Ставьте ноду
2. Подключайте модуль fs
3. Читайте файл, делайте изменения, пишите обратно

У ноды хорошая документация и довольно простой api.