Встречался с таким на Raspbian. Так и не понял в чём дело. Пришлось прописать нужный хост в /etc/hosts. Благо нужен был всего один.
Если адреса благополучно разрешаются вне Java, то возможно что-то не так с
сетевыми настройками Java. Эти настройки прописываются в JAVA_HOME/jre/lib/net.properties или в командной строке. Можете попробовать поиграться. Например, установить networkaddress.cache.ttl=0