Юрий Бортник

Установить mysqltuner и посмотреть его вьіхлоп. И да, если данньіх много, а ОЗУ мало — можно сделать только хуже.
Включить slowlog, проанализировать его с помощью percona tools, возможно придется добавить парочку—другую индексов. Вариантов масса.

В принципе - любой пакетный. Главное что бы был доступен легковесный DE