Авторегистрация работает только если у вас zabbix-agent работают в активном режиме, то есть, в конфиге агента указано ServerActive=zabbix_server. В этом случае агенты будут постоянно слать запросы проверок на сервер даже если на сервере используется только пассивные проверки. Это может быть удобным, когда у вас, скажем, в частном облаке автоматически разворачиваются серверы и вам сразу же необходимо их мониторить. В других случаях используются системы управления конфигурациями, которые по api создают хост в zabbix.
А сетевое обнаружение инициируется сервером. Таким образом он может обнаруживать не только агенты, но и прочее оборудование. Полезно, опять же, когда у вас есть необходимость находить оборудование, о котором вы не знаете.
В моей организации использовали сетевое обнаружение, потому что отдел мониторинга работал в отрыве от отделов сетевого и системного администрирования. В процессе мы изменили орг структуру и подход к мониторингу и необходимость в сетевом обнаружении отпала.
