Возможно ты делаешь миграции только для второго приложения, и так как в модели Chart есть ссылка на CustomUser оно выбрасывает ошибку.
Если я прав, то нужно удалить прошлый файл с миграцией и сделать их по новой
python manage.py makemigrations
python manage.py migrate
