Технически то, что вы хотите - это применение патча. Если вы можете сделать git diff, то результат этой команды позднее можно применить к исходному файлу (файлам) и получить модифицированную версию.
Делается это при помощи команды patch: patch < diff.patch
где diff.patch получен как git diff > diff.patch
На GitHub есть функция скачивания репозитория.
На кнопке Code нажимаете стрелку, после выбираете Download ZIP.
Оттуда же можно взять ссылку и скачивать архив скриптом.
