В командной строке можно в git репозитории написать git add folder, где folder - папка с файлами, потом ее закоммитить.
Если же папка загрузилась нормально, но не работают именно ссылки и переходы, то нужно проверить корректность ссылок в исходных html-файлах, не затесались ли туда абсолютные пути.
Если имеется ввиду что-то другое, то лучше уточнить вопрос или выложить сюда пример файла(ов).
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.
Очень неплохая пошаговая инструкция.