То, что вы ищете называется "отправка сообщения окну" и "эмуляция пользовательского ввода". Сегодня обрело популярность создавать GUI для приложений с использованием сторонних решений вместо стандартного системного WinAPI для создания окон. Если GUI создан с помощью системного WinAPI - то методика остается без изменений: системное WinAPI дает полный контроль над всеми окнами в системе для всех приложений плюс эмуляция ввода там, где нельзя сделать через WinAPI. Если же нет - то остается только эмуляция пользовательского ввода с паузами на отрисовку интерфейса либо сканированием изображения на экране. Узнать легко - использовать WinSpy либо InqSoft Window Scanner. Кроме упомянутого AutoIt, еще есть nnCron и автоматизатор Sign 0f Misery от того же InqSoft (да, древность, но все еще работающая, ибо системное апи окошек все еще легаси и будет еще долго жить).
