Насколько я знаю, в случае с fast-forward merge никак, чтобы этого избежать, делайте слияние с параметром --no-ff который создаст объект коммита при слиянии.
По второму пункту, есть такой плагин, правда год назад, когда я еще пользовался netbeans, он был глючноват, как сейчас обстоят дела я не знаю, но это единственный вариант.
Кстати в netbeans 7 обещают нативную поддержку git.
И еще одно, правила игнорирования для файлов, которые нужно игнорировать вам, но возможно их не будет у других «пользователей» репозитория (например, как в вашем случае, файлы настроек IDE) лучше не добавлять в .gitignore, а поместить либо в .git/info/exclude либо в git config настройку core.excludesfile.
