Внесу свои 5 копеек.

Основная проблема для глаз за монитором - 2д изображение, так же как у книг. Глаз человека предназначен, в первую очередь, для наблюдения за 3д миром, особенно за движением. Этой проблемы никак не избежать, можно лишь свести к минимуму воздействие негативных эффектов. Для этого на монитор нужно смотреть поменьше + интервалы отдыха + разминка для газ + физкультура/спорт + питание + сон + витамины.

Следующая важная проблема заключается в том, что монитор является не только "2д изображением", а еще сам излучает свет, в отличии от той же книги, которая свет отражает. А глаза, от природы, заточены под второе. Поэтому яркость этого "фонаря" должна быть минимальной, а так же, как здесь выше уже упоминали, не должно быть сильного контраста с внешним освещением.

Снижая яркость монитора мы сталкиваемся со следующей проблемой - ШИМ, а точнее с тем насколько качественно он реализован. При плохой реализации данного механизма многие замечают повышенную утомляемость или даже головные боли. Сейчас некоторые производители мониторов выпускают линейки продукции с технологией Flicker Free, это как раз отсутствие "шим" или, если быть точнее мерцания от него. Вот хорошая ветка на IXBT как раз по этой теме.

Следующий неприятный момент на мониторах - КЭ (кристаллический эффект, он же эффект "мокрой тряпки"). Ему подвержены наши любимые мониторы с матовой поверхностью. Глянцевые мониторы им не страдают, но у них не менее, а в некоторых случаях и более неприятный эффект зеркала. В чем же сила брат, спросите вы. А сила в прав.. в середине =) Да, в полуматовой поверхности, у которой может быть практически незаметный КЭ, при этом сохраняются антибликовые свойства.

Качественная цветопередача тоже тут, IPS в этом плане хороши, но качественные модели достаточно дорогие.

Размер монитора. На данный момент многие отдают предпочтение 24" Тут с одной стороны на вкус и цвет фломастеры неодинаковые, с другой - широкоформатники меньших размеров уж совсем маленькие.

Ну и еще мини-совет - фоновые цвета в документах для чтения или IDE-шках хорошо ставить в темные цвета, например от серого до черного. Это тоже для того чтобы "фонарь" не так сильно светил.

Вот как-то так.
PS жаль табуляция тут нормально не работает, криво как-то получается между абзацами пробел в строку вставлять...