После некоторого количества медитации:

На первый мой вопрос ответ - нет. Коллекция будет всегда доставаться, как только к ней попытаться обратиться. Выход хорошо описан здесь.

Второй вопрос. Если все же делать через ассоциацию One to Many. То нужно делать не через JoinTable, что по умолчанию, а через @JoinColumn. Тогда sql для любой итерации добавления объекта будет выглядеть так:

Hibernate:
insert
into
SubCategory
(subCategoryName, subCategoryId)
values
(?, ?)
Hibernate:
update
SubCategory
set
subCategories_categoryId=?
where
subCategoryId=?