Process Monitor
Собранные данные можно фильтровать по длительности операции, ее типу, по содержащимся строкам и по многому другому.
Процессор во время упомянутых 10-40 сек загружен или простаивает? Если простаивает, то навскидку могу посоветовать отфильтровать все CreateFile операции и посмотреть на их длительность.