Если вам очень дорог ваш текущий подход, то используйте в запросах `{table}`, а в данных экранируйте символ ` через html-entity (да и остальные кавычки не помешает). А если без извращений, то вам выше подсказали про плейсхолдеры в PDO.
P.S. У меня лично свой велосипед, но там опять же таблицы подставляются вместе с данными, а в самом запросе никакого произвольного текста быть не может, рекомендую вам пересмотреть вашу концепцию в этом направлении.