Я понимаю, что вопрос уже решен, но хотел отметить, что столкнулся с точно такой же проблемой, и связываю ее первопричину с драйверами видеокарты (в 12.10 сломалась работа старых NVidia под проприетарными драйверами, поэтому перешел на открытый)
У этого атома hyper-threading. Может быть у вас приложения одно ядро только могут загружать? А system monitor считает его двухъядерным и показывает, что занято всего одно ядро.
