Я лично столкнулся с такой проблемой (но она больше от собственной глупости чем от выбора метода):
Был сайт. Были домены Компания.ru и ПравильноеНазваниеКомпании.com. Было дано указание упразднить домен с .ru поскольку не положено. В итоге пришлось русскую версию делать на домене ПНК.com а пользователей с нерусскими корнями (в заголовках браузера) перенаправлять на en.ПНК.com (структура русской и английской версии различались, но не сильно, а архитектура движка заставила бы жестоко копипастить для хранения сайта в разных подпапках). В итоге все было замечательно, пока yandex, который заходил на сайт без заголовка относящегося к локали не приклеил домен к английской версии. В результате пришлось общаться с техподдержкой чтобы домен отклеили.
К чему это я? К тому, что следуя первому способу нужно очень осторожно относиться к автоматическому выбору языка, иначе будут боольшие сео-проблемы)
