Пока что удалось узнать только это.
Так как файлы есть
Путь к файлам верный
Права на папку (Возможно здесь причина ) в моем случае права выставил так chmod +rwx *.sh
На Windows Все запускается
Чтобы запустить файл jar, передайте эту -jarопцию java. В противном случае предполагается, что данный аргумент является именем класса, а не именем файла jar
Java правельно установленна и Mysql тоже.
Решено. Исправил путь -cp в скрипте sh
