Дмитрий

1. Как можно использовать ES6 в такой сборке, также перегонять файл server.js через babel или как?

ES2015 aka ES6 поддерживается полностью, кроме модулей. 2016+ — есть нюансы, смотря что нужно.
Использовать можно через хук.

2. Как nodejs/express можно будет использовать в связке с React/redux, какая структура проекта должна быть в таком проекте (1 или 2 packege.json должно быть и тп.)?

Зависит — если у вас изоморфное приложение, то все в одной директории, один package.json. Если классическое SPA, то можно и разделить, особенно если бэк и фронт будут разные люди делать.

Пара полезных ссылок: https://github.com/vmasto/express-babel
https://github.com/zeit/next.js

node.green

По первому пункту, ссылка от Антона в помощь.

По второму вопросу: вы на node.js будете делать бэкэнд. Который будет являться API сервером, не более. Здесь придется поизучать что такое REST API. Следовательно, если вы будете писать фронтенд на react/redux, то кладете его в другую директорию, там уже свой package.json и т.д., так как ваш фронтенд и бэкэнд - это две разные вещи.

Замените
<?$APPLICATION->ShowHead();?>

на аналогичные вызовы

<title><?$APPLICATION->ShowTitle();?></title>
<?
$APPLICATION->ShowMeta("keywords");
$APPLICATION->ShowMeta("description");
$APPLICATION->ShowCSS();
$APPLICATION->ShowHeadStrings();
$APPLICATION->ShowHeadScripts();
?>

теория и практика. и так по кругу.
только чтение ничего не даст.

прочитали паттерн -> посмотрели диаграммы -> тут же сели и попробовали реализовать самостоятельно, а не переписывая с книги/инторнетов -> посмотрели готовые реализации -> сделали выводы -> взялись за следующий.

ну и параллельно постигать что такое ооп вообще. для этого, кстати, можно и нужно читать фундаментальные вещи, без привязки к языку.

1)Идешь на htmlacademy.ru и проходишь все бесплатные курсы.
2) На этом пункте,невольно задаешься вопросом,как тебе использовать эти знания. Смотришь как верстать простейший макет https://www.youtube.com/watch?v=vFjRVugE030 на float.
3)Проходишь все платные курсы.
4) Читаешь https://www.ozon.ru/context/detail/id/22435909/ эту книгу. Можешь найти на просторах в инете.
5) Берешь самостоятельно простенький макет и верстаешь его на флексах и адаптивно( на этом пункте будешь знать что это.
6) Читаешь https://www.ozon.ru/context/detail/id/137213400/ .
7) На этом этапе ты знаешь что существуют предпроцессоры,и хочешь изучить,советую https://youtu.be/H4cG4tbc-xQ для знакомства.
8) читаешь такое и присматриваешь что учить дальше:
1) glivera-team.github.io/how-to/2016/05/02/how-to-st...
2)https://coggle.it/diagram/52e97f8c5a143de239005d1b...
3)https://github.com/zualex/devmap
4)blog.flppv.me/all/frontend
5)https://medium.com/russian/%D0%BE%D1%82-%D0%BD%D1%...
6)krekotun.ru/ui-developer-skills.html
7)Как быстро подтянуть свой уровень веб-разработчика, чтобы соотвествовать требованиям работодателей?
8)webmasters.teamdev.com/#html

9) Дальше думаю сам разберешься,Удачи!

С этим сюда:
Как на C писать ядро для минимальной ОС?

На С будет тоже самое, что на асме, поскольку ваш подход некорректен.
Вдобавок, Си будет навязывать вам использование библиотек, а поскольку ОС своя, то библиотек не будет и придется вставлять кучу вставок на ассемблере.
Практически все современные ОС в своем загрузчике реализуют простейшую поддержку файловой системы, чтобы можно было уже грузить основное ядро. Правда активно используются прерывания BIOS.

А вообще, возьмите и разберите GRUB, исходники открыты - https://www.gnu.org/software/grub/grub-download.html

Если вам попадает чужой продукт, и в нем нужно что-то исправить - читаете код, разбираетесь в нем и исправляете.
Реверс инженеринг - это тоже самое, только исходников нет, приходится разбираться с готовыми исполняемыми файлами, пользуясь дебаггерами, дизассемблерами, анализаторами.

А следовательно нужно учить как работают операционные системы, стандартные библиотеки, протоколы, глубже ассемблер.

И много опыта разработки - невозможно быть хорошим специалистом по реверс-инженерингу и не уметь просто хорошо программировать - вы же должны представлять, как примерно выглядела программа только по ее откомпилированной и рабочей части.

P.S. Если посмотреть ваши вопросы, то есть сомнения, что С и Ассемблер у вас пройденный этап.

100% гарантии Вам дадут только иконки на сервере ...
А если серьезно тут все зависит не от технологии, а от программиста и админа. Нет принципиальной разницы в Java Oracle, ASP MSSQL, PHP MYSQL, NODE MONGO.

Примерно на 90% это административный, организационный и юридический вопрос. Техническая часть тут не самое главное.
Правильно организуйте работу. И сделайте так, чтобы вашим сотрудникам было невыгодно "сливать" код на сторону.

Полную (или почти) защиту вы можете реализовать по принципу банковских "теневых" серверов.
Похожую систему безопасности описал Сергей

Когда я работал в Х банке, мы спускались на лифте в офис разработки, там проходишь рамки, отдаешь мобильники и др. электронику. Выдают офисную рацию для связи.
Каждый комп находится в таком положении, что при желании др. человек не увидит чем вы занимаетесь.
В системниках есть только один usb (и то не везде), который имеет физическую защиту. Служит для банковских ключей. Периферия подключена ps/2.
Вся локальная сеть не имеет доступа во внешний мир.
Код выкладывается на боевую систему через сервер-шлюз. Т.е. данные из рабочей сети выкладываются на шлюз, локальная сеть отрубается а далее уже на продакшен.
Шлюз защищен вероятно хорошо, но этого я уже не знаю.

Так же на столе стоит камера- блок. Когда вы отходите от нее (от компа), система блокируется и просит ввести логин/пароль.

Вот такая система безопасности была на старой работе. Может там и еще что то было, но я этого не знаю.