Ну так воспринмайте Mysql и тп как файлы. Они и есть файлы между прочим.
А все пляски с хранением инфы в обычных текстовых файлах (что всё равно можно назвать базой данных) со времем сведётся к тому, что вам нужно будет реализовывать множество функций (блокировка, транзакции и тп, для билинга всё же повышенные требования к надежности, защищенности от дубляжей и тп) уже существующих баз данных. спрашивается, зачем это нужно?
Не нравятся вам работать с mysql, так не работайте, в самом php уже давно есть pdo, более того есть различные еще более высокго уровня абстракции типа Doctrine 2 или Active Record (например Eloquent)
Где вам практически не нужно думать о конкретике.
