В андроиде изначально неплохая защита с fastboot. Чтобы записать что-то на карту памяти, нужно воспользоваться функциями одного из изгрузчиков или функциями ОС. Насколько я знаю, по умолчанию ни один из элементов этой цепочки не даст записать что-то несанкционированное. Если очень хочется — можно разблокировать fastboot и писать что угодно, но при разблокировании стираются все данные. По-моему неплохая защита. Другой вопрос, что при рутовании пользователь сам себе делает дыру в системе в виде собственно рута, CWM или разлоченного fastboot.