Спасибо, за решение, помогло, но у меня в svg-файле тег image был обернут в pattern:
<pattern id="kitchen_washbasin_pattern" patternUnits="userSpaceOnUse" x="579" y="187" width="100%" height="100%">
<image xlink:href="/images/skinali/kitchen_elem_06.png" width="170" height="172"></image>
</pattern>
Из-за этого и кодирование в base64 и указание локального пути к файлам не помогало - просто черный фон вместо картинок, причем браузер эту svg нормально отображал, а Imagick нет. Убрал теги pattern - все заработало. Итоговая svg стала такой:
<image xlink:href="/images/skinali/kitchen_elem_06.png" width="170" height="172" x="579" y="187"></image>
для неё после преобразования картинки в base64 получились нормальные jpg и png файлы.
