Если вкратце, то разделить можно следующим образом:
- Сквозное тестирование - это тестирование пользователем: пишем юз кейсы и проверяем как система отрабатывает.
- Системное тестирование - это тестирование того, как система работает в целом: не только что наши приложения запускаются, но и то, что работает с БД корректно, с кубернетесом тоже нормально общается (без сетевых неполадок например).
Подытоживая, могу сказать так: сквозное - ориентировано на пользователя, системное - ориентировано на ТЗ