сетевой инженер занимается сетями, настройкой оборудования, проектирование сетей и т.п. (в вырожденных случаях он же и провода тянет).
системный администратор настраивает операционную систему и программы
в некоторых случаях системный администратор может выполнять задачи сетевого инженера, но когда сеть крупная, удобнее и логичнее выделить на это отдельного человека