"Я не знаю что это такое, но мне надо это отключить"
Файловую систему для голого диска задаёт пользователь - отформатируйте диск под нужную вам фс, если вам так будет проще
По 1й проблеме
Саму vmware переустановить, папки с вм заранее скопировать самым обычным копированием и перерегистрировать на свежеустановленной vmware. Клон рование диска не нужно в принципе
По 2й проблеме
Презентовать реальный диск виртуалке в качестве реального диска. Гуглите "проброс диска vmware"
