Я видимо не понял до конца логику действий, делал примерно так:
scanstate \\fileserver\migration\mystore /ue:*\* /ui:domain1\user1 /i:miguser.xml /i:migapp.xml /o
Потом ввожу комп в новый домен «domain2», захожу сразу под админом (не заходя под новым пользователем) и ввожу следующее:
loadstate \\fileserver\migration\mystore /mu:domain1\user1:domain2\user2 /i:miguser.xml /i:migapp.xml
Потом почему то не смог войти под пользователем, возможно я что то напутал.