Позвольте самому ответить на свой вопрос, который возник из-за странного поведения расширения для Yii, которое нормально работало только с флеш-вариантом загрузчика. Попробовал загрузить без того расширения и заработало.
Ответ будет такой: загружать такие большие файлы можно с помощью Plupload, но 32-х битный флеш плагин для браузера не сможет увидеть весь файл и как вариант загрузить, выбрав html5 вариант загрузчика Plupload. Не зависит от битности операционной системы и браузера, т.к. браузер не загружает файл в память перед отправкой.