на гигабите такая разница в скорости объясняется очень просто — быстродействие HDD либо нагрузка на ЦП/шины данных.
на 100 мбит разница в скорости непонятна, если железо слабое, тогда объясняется тем, что samba более тяжелое приложение чем фтп.
Уточните железо.
