Дмитрий

1. Подгрузка товаров на страницах листинга через Javascript
2. Не нашел с главной прямых ссылок на каталог/товарные категории, только через Javascript
3. В хлебных крошках каталог не оформлен кликабельной ссылкой

User-Agent: *
Disallow: */index.php

Какой эффект планировалось получить от этой строки ?

У Битрикса, если правильно помню, стояло
User-Agent: *
Disallow: /*index.php$

а сколько времени прошло?
на клиентском сайте гугл проиндексировал все через 1-2 недели после запуска, а яндекс проиндексировал несколько страниц без каталога, а каталог проиндексировал через 2,5 мес

причин может быть много: канонические url указаны неправильно, много дублей страниц у cms и тд

Описания не копипаст?

Может быть проще в meta robots прописать noindex,floow?
<meta name="robots" content="noindex,follow" />

wget