Евгений Молдовану

Результаты по наложенным фильтрам можно получить в Яндекс вебмастере.
Все остальное - переоптимизация, спам и так далее касается одной страницы. Для решения такой проблемы достаточно любого оптимизатора считающего вхождения биграм, ключевых слов и так далее.

Вам нужно экспортировать ссылки из консоли вебмастера (404) и проверить их список, например в
https://httpstatus.io/
Также можно сделать с помощью screaming frog seo spider (там есть проверка своего списка юрл), но программа платная, ищите патчи.
Есть старая программа easyblanalizer.
В SiteAnalyzer есть возможность загрузить сайтмап, не совсем то что вам нужно, но можно список 404 сформировать

Не рекомендую. Чтобы ранжироваться по разным (по семантическому ядру) запросам нужно чтобы сайт обладал хорошим трастом. А судя по описанию вы новичок + не готовы инвестировать (раз пишите самостоятельно).

Вам не нужен курс.
Для начала определитесь. Вы что хотите? Самостоятельно все сделать минуя seo специалиста?
Тогда вам желательно иметь
Кейколектор + Кейассорт (обе платные)
Если ключей мало - можно использовать
Словодер + Majento Кластеризатор 1.4 (бесплатны обе)

Теперь по вопросам
1) Букварикс используют только для дополнения, а не как основной источник данных. Основной источник - это wordstat.
2) Если вы хотите хранить данные и время от времени их допарсить + добавить - без Кейколектора или Кейассорта не обойтись.
Грани ВЧ-НЧ = если у вас главный ключ примерно 10К показов, то это ВЧ, СЧ будут по 1-5К, НЧ 5-100 по wordstat.

3) Агрегаторы ранжируются не по основным правилам. Проще говоря - Яндекс для своих сервисов сам вбивает нужную позицию и располагает там сайт, даже если он не оптимизирован под эту позицию. Поэтому их и не используют в расчетах.

4) Для этого используют класстеризацию поисковых запросов.