При завершении сеанса, сессия авторизации сбрасывается на локальной машине.
Как уже сказали выше, просто нажимайте на крестик, а не завершайте сеанс, это отключит RDP-подключение, но сессия на локальной машине останется активной.
P.S. Получается примерно так, вы выключаете рабочую станцию и спрашиваете, как сделать так чтобы она не выключался при выключении.