в отличие от других ide икскод не отображает и не оперирует реальной файловой структурой.
это позволяет произвольно организовывать структуру/группировать файлы в проекте не трогая сами файлы на диске.
на гитхабе исходники, которые подразумевают непосредственную сборку (а не reuse в собственном коде), обычно лежат в виде готового xcode-проекта.
то есть нужно скачать, открыть bla-bla-bla.xcodeproj в xcode и запустить билд.
