DevMan

прописать путь в PATH.
blog.countableset.ch/2012/06/07/adding-git-to-wind...

- использовать ssh-ключи
- поменять адреса в склонированных репозиториях с HTTPS на SSH.

почитайте коменты Как настроить работу с gitHub в PHPStorm консоли, если включена двухфакторная авторизация?

git init --bare
www.saintsjd.com/2011/01/what-is-a-bare-git-repository
https://git-scm.com/book/en/v2/Git-on-the-Server-G...

локальный git нужен, если я верно вас понял.

чтоб выбрать аргументировано, нужно самому попробовать то и другое.
накидайте список операций и выполните их в каждой vcs по очереди.
много времени это не займет, зато поймете что вам ближе.

для простых операций можно обойтись гуями (из бесплатных: вышеупомянутый SourceTree, GitHub Desktop, SmartGit) или встроенными средствами редактора/IDE.

для сложных, имхо, только консоль.

комиты делаются в свой репозиторий (или туда, куда есть права писать).
в чужой репозиторий отправляются пулреквесты.

https://help.github.com/articles/fork-a-repo/
https://help.github.com/articles/using-pull-requests/

сохранять файлы в utf.
если это по каким-либо причинам невозможно, то конвертить туда-сюда налету при помощи фильтров или постоянно менять кодировку в браузере при просмотре в режиме raw.

PS пример фильтра https://github.com/msysgit/msysgit/issues/113

submodule - это отдельный репозиторий. Соответственно, прежде чем его добавить, нужно его создать.

Выносите либы/плагины в отдельные репаки и начинаете использовать submodules.
https://www.jetbrains.com/idea/help/git-branches-i...

Если файл уже под контролем (был ранее добавлен в репозиторий), то .gitignore на нем работать не будет. Что, собственно, и логично.
Есть два варианта:
- удалить файл -> закомитить -> добавить в .gitignore -> вернуть файл
- удалить из индекса (git update-index --assume-unchanged your-file) -> добавить в .gitignore

Пример post-update хука:

#!/bin/bash

branch=`git rev-parse --symbolic --abbrev-ref $1`
echo "Pushed to branch '$branch'"
exec git update-server-info

git-scm.com/book/en/Customizing-Git-Git-Configuration#Formatting-and-Whitespace