Destinety

Если вдруг кому будет интересно, то получилось решить следующим образом

- git fetch
- file=$(git log -m -1 --name-only --pretty="format:")

Т.к. у меня предполагается, что 1 мердж реквест = 1 файл, то этот вариант работает, протестировал несколько различных вариантов проведения мердж реквеста, все было ок

В общем, скорее всего эти процессы выдавили в своп другие процессы от запросов, когда был какой-то пик трафика, и они там так и остались.
Выдавил их из свопа остановкой и запуском подписок на реплике.